L'unité de recherche Microbiologie (UR454), rattachée au département Microbiologie et Chaîne Alimentaire (MICA), est située sur le site de Theix à Saint-Genès Champanelle. Elle est dirigée par Régine Talon (DU) et Evelyne Forano (DUA).
Elle est composée de 31 agents permanents dont 12 chercheurs et ingénieurs. Elle héberge un ingénieur et un technicien de la société Lallemand. Elle accueille actuellement 6 doctorants et en moyenne une dizaine d'agents non titulaires chaque année (stagiaires, CDD). Les recherches sont conduites par deux équipes de recherches avec l'appui de services communs : secrétariat, laverie, plateau technique de microscopie et plateau technique expérimental animal. 

Le projet de l’unité vise à caractériser l’adaptation des bactéries, dont les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC), aux environnements  digestif et alimentaire et les interactions du microbiote intestinal avec l’Homme. Ses finalités concernent la santé humaine via la sécurité sanitaire des aliments, la prévention des pathologies infectieuses à EHEC et des pathologies fonctionnelles.  

Notre domaine d'expertise concerne les écosystèmes microbiens digestif et alimentaire et leurs inter-relations avec l'hôte, animal ou humain (impact sur la nutrition et la santé) ou leur environnement (qualité de l'aliment).